Vingt années se sont écoulées depuis que les dirigeants du monde entier ont accepté de se rendre sans condition aux forces extraterrestres, et les membres d'XCOM, la dernière ligne de défense de la planète, se sont retrouvés décimés.

Aujourd'hui, dans XCOM 2, les extraterrestres règnent sur la Terre ; ils y construisent des villes rutilantes qui promettent un avenir brillant à l'humanité, tout en dissimulant leurs sombres desseins et en faisant abattre les moindres dissidents qui tenteraient de s'opposer à leur ordre nouveau.