Marvel’s Avengers débute lors du A-Day, où Captain America, Iron Man, Hulk, Black Widow et Thor célèbrent l'inauguration d'un nouveau quartier général des Avengers à San Francisco et le lancement de leur héliporteur alimenté par une source d’énergie expérimentale.

Cependant, la journée vire au cauchemar lorsqu'un accident catastrophique entraîne la destruction d'une grande partie de la ville.

Les Avengers sont considérés comme responsables de la tragédie et se séparent.

Cinq ans plus tard, alors que les super-héros sont devenus hors-la-loi, le monde fait face à une terrible menace et le seul espoir pour le sauver est de rassembler les plus grands héros de la Terre.